System HACCP, dzięki swojej uniwersalności, może być zastosowany do każdego rodzaju żywności.
Oczywiście dla każdego zakładu i fabryki określany i opracowywany jest odmienny system HACCP który uwzględnia specyfikę zakładu oraz prowadzonego w nim przetwórstwa żywności. Głównymi zasadami systemu HACCP jest przede wszystkim ustalenie i analiza zagrożeń pod kątem ich potencjalnego wystąpienia w procesie wytwórczym.
Oprócz tego, analizie podlega cały proces technologiczny oraz linia produkcyjna biegnąca od surowca po produkt gotowy. Należy w związku z tym określić tak zwane Krytyczne Punkty Kontroli (CCP).